药学馆分布在博物馆的5楼，展示了我国中医药发展史和现代药物知识，展出了腊叶标本、水浸标本、饮片标本、生药标本、养生药物、制剂标本等六大类实物，共计1500余件展品，配以生动的图片和文字说明，让人们对中医药学有了进一步的了解。其中的百草堂、养生堂源于中国传统的医药历史，展区设计巧夺天工，给参观者留下了深刻的印象。